為貫徹落實《食品安全法》和《食品安全法實施條例》，做好食品安全標準體系中農藥、獸藥殘留標準管理工作，2009年9月29日，衛生部辦公廳、農業部辦公廳聯合下發《關于印發《食品中農藥、獸藥殘留標準管理問題協商意見》的通知》（衛辦監督函〔2009〕 828號）,明確食品中農藥、獸藥殘留標準相關機制和工作程序，主要內容如下：

    食品安全國家標準審評委員會負責食品安全國家標準審查，食品安全國家標準審評委員會設農藥殘留和獸藥殘留專業工作組負責食品中農藥殘留和獸藥殘留標準、檢測方法與規程的審查。農業部負責農藥殘留和獸藥殘留專業工作組的組建及日常管理工作。專業工作組工作按照《食品安全國家標準審評委員會章程》規定執行。

    農藥殘留標準是食品安全國家標準。農業部提出農藥殘留標準計劃，納入食品安全國家標準計劃統一發布。農業部負責食用農產品中農藥殘留限量及檢測方法與規程的計劃、立項、起草、審查、復審、解釋、檔案、制（修）訂經費的管理等。農業部負責征求意見和對外通報，向國務院指定的負責對外通報和評議工作的部門提供通報所需資料，提出答復評議意見，并對其他世界貿易組織成員通報的涉及農藥殘留的衛生措施提出評議意見。農業部負責組織農藥殘留專業工作組對標準進行審查形成標準發布稿。衛生部會同農業部共同發布和廢止農藥殘留限量和檢測方法與規程標準，標準文本注明農業部負責標準制訂、歸口和解釋。農業部制訂食用農產品農藥殘留標準時，應兼顧加工食品。在工作需要或發生涉及農藥殘留的食品安全事故時，衛生部協調組織農業部制訂相關農藥殘留的限量及檢測方法并進行風險評估。

    獸藥殘留標準是食品安全國家標準。農業部提出獸藥殘留標準計劃，納入食品安全國家標準計劃統一發布。農業部負責食用農產品中獸藥殘留限量及檢測方法與規程的計劃、立項、起草、審查、復審、解釋、檔案、制（修）訂經費的管理等。農業部負責征求意見和對外通報，向國務院指定的負責對外通報和評議工作的部門提供通報所需資料，提出答復評議意見，并對其他世界貿易組織成員通報的涉及獸藥殘留的衛生措施提出評議意見。農業部負責組織獸藥殘留專業工作組對標準進行審查形成標準發布稿。農業部會同衛生部共同發布和廢止獸藥殘留限量和檢測方法與規程標準，標準文本注明農業部負責標準制訂、歸口和解釋。農業部制訂食用農產品獸藥殘留標準時，應兼顧加工食品。在工作需要或發生涉及獸藥殘留的食品安全事故時，衛生部協調組織農業部制訂相關獸藥殘留的限量及檢測方法并進行風險評估。